10 августа 2015 г. дацан «Гунзэчойнэй» празднует 100-летие со дня основания.
Буддийский храм был построен в Санкт-Петербурге (в Старой Деревне на берегу реки Большой Невки) в 1909-1915 гг. Инициатором постройки выступил посланник XIII Далай-ламы ученый бурятский лама Агван Лобсан Доржиев (1853/54-1938). Одновременно с храмом в 1910-1916 гг. было возведено 4-х этажное общежитие для монахов и приезжих буддистов и служебный флигель (не сохранился).
Храм был освящен 10 августа 1915 г.; по освящении получил тибетское название: Kun la brtse mdzad thub dbang mchhos ‘byung ba’i gnas (Источник Святого Учения Всесострадающего Владыки-Отшельника). Главными объектами поклонения являлись бурхан Большого Будды, выполненный из глины бурятскими мастерами, и две алебастровые статуи, привезённые из Сиама, – Сидящий Будда (Шакьямуни) и Стоящий Будда Майтрейя, находившиеся соответственно в нижнем и верхнем алтаре. В годы гражданской войны (1919) храм подвергся погрому и утратил большую часть своих реликвий и культовых принадлежностей.
В 1922-1937 гг. храмовая усадьба принадлежала Тибето-монгольской миссии в СССР, находившейся под покровительством Наркомата по иностранным делам. Главой миссии являлся полномочный представитель Тибета в СССР Агван Доржиев. В 1938 г. (после ареста лам и ликвидации миссии) здание храма и два жилых дома при нём были муниципализированы, предметы культа переданы в Музей истории религии и атеизма. В последующие годы (вплоть до конца 1980-х) в храме размещались соответственно физкультурная база, военная радиостанция, лаборатории Зоологического института АН СССР. В 1987 г. храм посетил Его Святейшество XIV Далай-лама Тензин Гьяцо, традиционно считающийся его Покровителем.
9 июля 1990 г. решением исполкома Ленгорсовета Храм был передан Ленинградскому обществу буддистов. В 1991 г. получил свое нынешнее название – Дацан Гунзэчойнэй, что является аббревиатурой его первоначального названия.
В 1994 г. в главном алтаре была установлена статуя Большого Будды, изготовленная монгольскими мастерами в традиционном монгольском стиле (из папье-маше, с последующим покрытием фигуры вероучителя сусальным золотом). Высота туловища Будды – 2 1/2 м., вместе с нимбом и пьедесталом – около 5 м. В 2003 г. в храм после реставрации была возвращена статуя сиамского «Стоящего Будды» (подарена в 1914 г. русским консулом в Бангкоке Г.А. Плансоном).
В  2013 г. совместно с Национальной библиотекой Республики Бурятия, буддийского храма «Гунзэчойнэй», а также Национального музея, Государственного архива Республики Бурятия в рамках празднования 90-летия образования Республики Бурятия в Президентской библиотеке имени Б.Н. Ельцина в городе Санкт-Петербург, была представлена выставка «Бурятия-территория мира и согласия».
На выставке были представлены электронные ресурсы, книги, фотографии, оригинальные документы, фильмы об истории и культурных традициях Бурятии. Экспонатами выставки были предметы быта, одежды, украшения, культовые предметы, оцифрованные документы и книги, рассказывающие о происхождении бурят; об истоках формирования культуры хунну; о Степных думах – органах административного управления инородцами; об исторических хрониках бурят, о присоединении Бурятии к Российской империи.
Часть выставки была посвящена подлинным предметам культа и отправлениям религиозных обрядов. Их впервые в своей истории позволил выставить за своими пределами петербургский буддийский храм. Настоятель Санкт-Петербургского Буддийского дацана «Гунзэчойнэй» Буда Бадмаев лично оформлял витрины экспозиции Президентской библиотеки. Выставлялись буддийские барабаны с мантрами, книга с текстом молебнов на тибетском языке. Ритуальные колокольчики, тарелки, украшения из алтаря Дацана занимали значительную часть экспозиции. Также было выставлено облачение Ламы, в котором совершается служба.  Отдельный блок был посвящён буддизму в Бурятии и XII Пандито Хамбо Ламе Итигэлову.